空氣過濾系統(tǒng)是保證本設(shè)備性能最主要的系統(tǒng)，它由驅(qū)動風機、風道、循環(huán)空氣過濾器和外排空氣過濾器組成。其最主要的功能是不斷地使?jié)崈艨諝膺M入工作室，使工作區(qū)的下沉氣流(垂直氣流)流速不小于0.3m/s，保證工作區(qū)內(nèi)的潔凈度達到100級。同時使外排氣流也被凈化，防止污染環(huán)境。
外排風箱系統(tǒng)由外排風箱殼體、風機和排風管道組成。外排風機提供排氣的動力，將工作室內(nèi)不潔凈的空氣抽出，并由外排過濾器凈化而起到保護樣品和柜內(nèi)實驗物品的作用，由于外排作用，工作室內(nèi)為負壓，防止工作區(qū)空氣外逸，起到保護操作者的目的。
滑動前窗驅(qū)動系統(tǒng)由前玻璃門、門電機、牽引機構(gòu)、傳動軸和限位開關(guān)等組成，主要作用是驅(qū)動或牽引各個門軸，使設(shè)備在運行過程中，前玻璃門處于正常位置。
照明光源和紫外光源位于玻璃門內(nèi)側(cè)以保證工作室內(nèi)有一定的亮度和用于工作室內(nèi)的臺面及空氣的消毒。
控制面板上有電源、紫外燈、照明燈、風機開關(guān)、控制前玻璃門移動等裝置，主要作用是設(shè)定及顯示系統(tǒng)狀態(tài)。
工作原理主要是將柜內(nèi)空氣向外抽吸，使柜內(nèi)保持負壓狀態(tài)，通過垂直氣流來保護工作人員；外界空氣經(jīng)高效空氣過濾器( high-efficiency particulate air filter, HEPA過濾器)過濾后進入安全柜內(nèi)，以避免處理樣品被污染；柜內(nèi)的空氣也需經(jīng)過HEPA過濾器過濾后再排放到大氣中，以保護環(huán)境。
按照NSF49標準，生物安全等級1級(P1)的媒質(zhì)是指普通無害細菌、病毒等微生物；生物安全等級2級(P2)的媒質(zhì)是指一般性可致病細菌、病毒等微生物；生物安全等級3級(P3)的媒質(zhì)是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，但感染后可治愈；生物安全等級4級(P4)的媒質(zhì)是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，感染后不易治愈。此標準將生物安全柜分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ級，可適用于不同生物安全等級媒質(zhì)的操作。
